As instalações do Terminal localizam-se no Porto de Madre de Deus, na ilha do mesmo nome, a cerca de 15,5 milhas do ancoradouro sudoeste do Banco da Panela, no Porto de Salvador. O Terminal limita-se ao norte pela Ilha Maria Guarda, ao sul pela Ilha do Frade, a leste pela Ilha da Maré e a oeste pela Ilha das Vacas.
O píer do terminal permite que cinco navios atraquem simultaneamente. Todas as estações de atracação possuem faróis de luz e são classificadas em principais e secundárias. Os postos principais são identificados pelas letras PP, seguidas dos números: PP-1, PP-2, PP-3 e PP-4. Os postos secundários são identificados pelas letras PS, seguidas da numeração: PS-1 e PS-2.
